肺栓塞根据病人情况不同，选择也不一样。
如果是急性而严重的肺栓塞，除了影响到患者的通气，还影响到肺循环的病人，可能需要溶栓治疗，目的是通过链激酶或者尿激酶，迅速的溶解血栓再通血管缓解病人的症状，此时的治疗是救命的。
通常情况下应用抗凝治疗，因为溶栓有一定的风险，可能出现大出血，包括颅内出血，严重的危及患者的生命，要严格把握适应症。通常患者主要是通过抗凝治疗来缓解，抗凝治疗可以使用肝素或者低分子肝素钠，然后使用华法令或者利伐沙班续贯治疗。
除了用药以外，关键要找到患者形成肺栓塞潜在的原因，去除原因以后再通过用药效果才更好，如果停药肺栓塞可能出现复发。