腺垂体功能减退症的治疗主要以补充体内的激素为主。
由于腺垂体功能减退症会导致体内的性激素、甲状腺激素、皮质醇激素分泌异常，所以在被医生诊断为腺垂体功能减退症后，遵医嘱服用左甲状腺素钠片、醋酸泼尼松片、性激素等药物对体内缺乏的激素水平进行补充，以防止疾病持续进展导致垂体危象发生。部分患者可能需要终身服用补充体内激素的药物，所以在用药过程中不得擅自停止或缩减药物用量，以免对自身健康造成影响。
腺垂体功能减退症的发病原因还有可能是由于垂体瘤所导致，除服用药物对体内缺乏的激素进行补充外，患者还应该尽早配合医生实施手术切除治疗，可导致腺垂体功能减退症的垂体瘤通常体型较大，如果不及时配合医生进行治疗，可能会对人体的视神经或周围组织造成压迫，从而导致患者出现视力下降、失明等症状发生。
患者在腺垂体功能减退症患病期间，服用药物治疗的患者应该积极配合医生进行随访复查，根据自身病情的进展由医生调整药物用量。而手术后的患者配合医生进行随访复查的主要目的是为了防止腺垂体功能减退症症状反复或垂体瘤复发的情况发生。