肝内胆管结石与胆囊结石一样，治疗主要分为两部分，保守治疗、手术治疗。
1、保守治疗：在临床上，如果发现肝内胆管结石的数量非常少、位置也非常好，主要位于胆道的末端，没有任何临床症状，也没有引起肝功能异常。这种情况下，肝内胆管结石只需要定期的复查随访，暂时不需要特殊治疗，患者需要平时注意一下饮食，服用一些排道利胆的药物治疗即可，这也是大部分肝内胆管结石的治疗方法。
2、手术治疗：患者肝内胆管结石往往数量比较多，结石非常大，同时结石的位置也不好，堵塞主要胆管，引起相应的胆管炎的症状，甚至出现黄疸，或者胆管结石反复发作，引起肝内胆道的感染、胆管炎，严重的患者会出现肝脏的纤维化，局部的萎缩，甚至部分胆道内感染，继发肝脓肿感染。针对这类的胆管患者，需要采取积极的手术治疗方法。
手术治疗对于肝内胆管结石来说，是被迫的方法，也是比较艰难的方法，因为肝内胆管结石数量比较多，分布比较广，因此手术难度非常大。所以，对于肝内胆管结石非不得已情况下，建议患者采取保守治疗的方法。
