细菌性肝脓肿和阿米巴肝脓肿都是临床上常见的肝脓肿，其治疗方针不一样，因此鉴别非常重要，主要通过以下几个方面来对两种脓肿进行鉴别。
1、病史：细菌性肝脓肿主要见于胆道感染或者化脓性感染疾病之后，而阿米巴肝脓肿主要继发于阿米巴痢疾之后。
2、症状：导致细菌性肝脓肿的原因是细菌感染，这时候患者往往有严重的全身性的中毒反应，往往有寒颤、高热，通常发病非常急。而阿米巴肝脓肿发病非常缓慢，病史非常长，发热也不规则。
3、血液化验：导致细菌性肝脓肿主要是细菌性感染，这时候从化验单上来看就会发现患者的白细胞，特别是中性粒细胞明显升高，对于部分患者进行血培养之后，还可以发现血培养中的细菌是阳性。而阿米巴肝脓肿由于是一种寄生虫肝感染，这时候白细胞基数虽然也可以升高，如果患者没有继发细菌的感染，其血培养细菌往往呈阴性，而血清学检查中阿米巴抗体的检测可以呈阳性。
4、粪便检查：由于阿米巴痢疾往往寄生于细菌感染之后，因此阿米巴肝脓肿的患者粪便里往往可以找到阿米巴滋养体，这也是临床上鉴别这两种脓肿的主要区别。
